Schellings umfassendes Werk war lange in Vergessenheit geraten. Doch ab der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts erfuhr es in Philosophie und Forschung eine beispiellose Renaissance, deren Ende auch heute noch nicht abzu­sehen ist. Bis zu seiner Neuentdeckung vor allem durch M. Heidegger, K. Jaspers und W. Schulz in Deutschland (sowie L. Pareyson und X. Tilliette in Italien und Frank­reich), wurde Schelling lange Zeit lediglich als Zwischen­stufe in der klassischen Folge des Deutschen Idealismus (Kant-Fichte-Schelling-Hegel) gesehen. Man betrachtete ihn bis dahin vornehmlich als ein junges Genie, das um 1800 schon früh den Höhepunkt seines Wirkens erreicht habe und danach bald in der Öffent­lichkeit verstummte. Zwar habe Schelling noch Vorlesungen gehalten, die von ständig neuen Systementwürfen kündeten, diese hätten sich aber zunehmend in dunkle Abwege verlaufen, denen niemand mehr folgen konnte und wollte.

Es bedurfte einiger Paradigmenwechsel im 20. Jahrhundert, um diese Klischees zu revidieren und eine Philosophie neu zu entdecken, deren Anthropologie den Blick auf das Unbewusste und das Böse im Menschen richtet, deren Naturverständnis sich von einem rein mechanis­tischen Weltbild löst und deren letzte Philosophie gegenüber dem Letzt­begrün­dungsanspruch der menschlichen Vernunft die Unvordenklichkeit des Seins in Anschlag bringt.

Aber auch die Wirkungsgeschichte Schellings muss neu bewertet werden, sieht man über den mitteleuropäischen Horizont hinaus: Schellings Vorlesungen wurden auch in seiner Spätzeit von einem internationalen Publikum reich besucht, unter den Hörern der Berliner Vorlesungen fanden sich gleichzeitig Namen wie S. Kierkegaard, F. Engels, M.A. Bakunin und J. Burckhardt – und während Schelling in Deutschland langsam in Vergessenheit geriet, blieb sein Einfluss in anderen Teilen der Welt durchaus bedeutend, etwa in Skandinavien (zu nennen wären hier die Gebr. Ørsted, A. Oehlenschläger, N.F.S. Grundtvig), in England (W. Wordsworth, S.T. Coleridge), in Lateinamerika (im sogenannten Krausismo), vor allem aber in Russland, sowohl in der Literatur (besonders zur Zeit der russischen Romantik) als auch in der Philosophie (W.S. Solowjew, N.A. Berdjaew).

Tatsächlich hat sich nach Schelling keine philosophische Schule gegründet, die sein unmittelbares Erbe übernehmen und weiterführen sollte – ganz anders etwa als bei seinem einstigen Jugendfreund und später so erbitterten Gegner Hegel. Zu heterogen und ungreifbar schien der Kern des Schellingschen Denkens bereits in seinen frühen Jahren: Als berühmter wie bekämpfter Wortführer des Deutschen Idealismus bildete er um 1800 aus den Ansätzen Fichtes ein streng wissenschaftliches transzendentalphilosophisches System, das am Ende wiederum in Kunst und einer neuen Mythologie mündet. Gleichzeitig begründete Schelling im engen Dialog mit den aufkeimenden Naturwissenschaften eine Naturphilosophie, deren ganzheitlicher organisch-evolutionärer Ansatz erst heute in seiner Modernität gewürdigt werden kann. Zur selben Zeit legte er den Grundstein einer Tradition, von der Peter Szondi später sagte: Seit Aristoteles gäbe es eine Poetik der Tragödie, seit Schelling erst eine Philosophie des Tragischen; zudem war Schelling zugleich enger Wegbegleiter der Weimarer Klassik und wichtiger Impulsgeber der Romantik.

Nach unruhigen Jahren in Tübingen, Jena und Würzburg ist Schelling erst in München sesshaft geworden. Hier lebte und wirkte er von 1806 bis 1820 und von 1827 bis 1841. Schelling hielt diese Verbindung auch während seines Erlanger Intermezzos und der späten Jahre in Berlin aufrecht, insbesondere zur Bayerischen Akademie der Wissenschaften und dem Königshaus. Als Mitglied der Akademie der Wissenschaften hielt Schelling im Oktober 1807 seine aufsehenerregende Rede »Über das Verhältnis der Bildenden Künste zur Natur«, womit er insbesondere den Kronprinzen und späteren König Ludwig I. von Bayern so beeindruckte, dass er sich fortan seiner lebenslangen Zuneigung sicher sein konnte. Er war maßgeblich beteiligt an der Gründung der Akademie der Bildenden Künste 1808 und wurde ihr erster Generalsekretär. König Ludwig I. berief Schelling 1827 als Professor an die neue Universität in München und zum ständigen Präsidenten der Akademie der Wissenschaften, darüber hinaus auch zum ersten Generalkonservator der wissenschaftlichen Sammlungen. Schelling wurde zudem philosophischer Lehrer des Thronfolgers Maximilian, der später auch als König Maximilian II. von Bayern bis an Schellings Lebensende einen engen Austausch mit seinem alten Lehrer beibehielt.